Nå, etter 25 år i uvisse, bestemmer han seg for å forsøke finne ut hva som skjedde med henne. Gjennom dette håper han at et stort hull i livet kan helbredes. Med på reisen er hans kreative samarbeidspartner og beste venn, Fredrik, som deler Marius sin entusiasme for filmskaping. Det er denne lidenskapen som i «Kodenavn: Nagasaki» blir rammeverket for søket etter moren som forsvant.
